Ο τρόπος με τον οποίο το εσωτερικό ρολόι επηρεάζει την άνοια είναι πολυδιάστατος. Καταρχάς, η διαταραχή του ύπνου, η οποία συχνά σχετίζεται με διαταραχές του κιρκαδικού ρολογιού, μπορεί να προκαλέσει φλεγμονή στον εγκέφαλο και να επηρεάσει την απομάκρυνση των τοξικών ουσιών, όπως η άλφα-συνουκλεΐνη και η τυρίνη, που συσσωρεύονται σε νευρικά κύτταρα. Αυτές οι συγκεντρώσεις έχουν συσχετιστεί με την ανάπτυξη της νόσου του Alzheimer, της πιο κοινής μορφής άνοιας.
Τέλος, οι αλλαγές στον κιρκαδικό ρυθμό επηρεάζουν και την κυκλοφορία του αίματος στον εγκέφαλο, μειώνοντας την αποτελεσματικότητα της απομάκρυνσης των τοξικών ουσιών και επηρεάζοντας την οξυγόνωση των νευρικών ιστών. Όλα αυτά τα στοιχεία δείχνουν ότι η διατήρηση ενός υγιούς κιρκαδικού ρολογιού μπορεί να είναι σημαντική στρατηγική για την πρόληψη ή την καθυστέρηση της εμφάνισης της άνοιας.